La salma di San Rocco venne sepolta nella chiesa di Sant’Enrico a Voghera, dove già nel 1391, e forse ancor prima, era fiorente il culto a lui dedicato. È certo, come attestato da antichi documenti, che nel 1469 i resti del Santo si trovassero ancora conservati nella cittadina pavese e che nel 1485, a parte alcune ossa di un braccio, furono traslati a Venezia. Per secoli si credette che il trasferimento fosse avvenuto a causa di un furto, ma, come scoperto nel 2001 dallo studioso Pierre Bolle, si trattò di una compravendita, concretizzatasi nel 1483. In effetti, il patriarca di Venezia Maffeo Girardi comunicò con una lettera datata 13 maggio 1485, di cui è conservata una copia, ai Capi del celebre Consiglio dei Dieci che la Scuola Grande di San Rocco aveva acquistato le sacre reliquie da un luogo denominato «Ugeria», ossia Voghera.

La vendita fu concordata sottobanco tra alcuni emissari veneziani e un frate della vecchia chiesa di Sant’Enrico, oggi chiesa di San Rocco. Frate Giovanni Teutonicus, priore del lazzaretto di San Rocco, come confessò in un processo verbale, vendette le reliquie del Santo per potere curare i tanti malati. I veneziani, sicché la compravendita di resti sacri era assolutamente vietata, in quanto peccato grave e atto sacrilego, ne simularono il furto. Lo studioso belga, ricercando fra le carte custodite nell’archivio storico di Voghera, rinvenne una serie di delibere riservate del consiglio comunale del 1483 con le quali si ordinava di non rivelare i contatti tra il frate e i veneziani. Il signore della città, Pietro Dal Verme, volle infatti mettere tutto a tacere per non allarmare i fedeli. Grande sarebbe stato lo scandalo se si fosse scoperto che la signoria dei Visconti si era fatta rubare le reliquie. La verità rimase nascosta per molti anni. I vogheresi, convinti che i veneziani rubarono i resti del loro Santo, si consolarono venerando l’urna di legno, ancora oggi conservata sull’altare della vecchia chiesa, nella quale erano contenuti e qualche frammento delle ossa di un braccio.

Nel 1575, per volontà di papa Clemente VIII, altri frammenti delle ossa di un braccio giunsero a Roma e una tibia a Montpellier. A Genova, nella chiesa di San Rocco di Vernazza, uno scrigno d’argento preserva una reliquia del Santo, donata nel 1995 dalla chiesa veneziana. Altri frammenti ossei sono conservati a Torino, Cisterna di Latina (LT), Montecalvello (VT), Locorotondo (BA), San Cesario di Lecce (LE), Frigento (AV), Pignola (PZ). In Calabria, a Scilla (RC), è custodito un pezzo della scapola di San Rocco.