L'attività ecclesiastica è stata molto intensa durante il trascorrere degli anni. Ciò era dimostrato dalla presenza nel paese (fine XVII secolo), che contava circa mille abitanti, di due conventi, alcune chiese, parecchi preti e sacerdoti. Nel XVI secolo sorse il convento di S. Maria, di cui l'unico ricordo sono solo alcuni resti. Un altro convento fu eretto nel 1664 in una zona tra Acquaro e Dasà, laddove ora si trova il cimitero. Era il convento dei Padri Riformati, che era racchiuso da mura, delle quali rimane qualche rudere. L'attività dei frati era soprattutto contemplativa e questi non partecipavano alle processioni di Acquaro. Questo comportamento non piacque all'Arciprete Don Mario D'Antona, che espresse tutto il suo disappunto su alcuni documenti, grazie ai quali si è venuto a conoscenza di questo particolare. Tra gli edifici sacri, c'era la Cappella di S Caterina, che era posta dove oggi si trova il Municipio. In essa, oltre a praticare funzioni religiose, venivano anche seppelliti i morti, come era solito fare in molte chiese dell'epoca. Questa era stata costruita agli inizi del 1600 ed accanto ad essa, nel luogo in cui ora c'è la Chiesa Matrice, si erigeva la chiesa Arcipresbiteriale circondata da orti denominati Orti della Chiesa. Nella tradizione religiosa acquarese non va dimenticata la Confraternita del SS. Corpo di Cristo. Questa nacque in seguito all'arrivo dell'atto di aggregazione alla Arciconfraternita del SS. Sacramento. Con esso ai fratelli della Confraternita furono offerte le indulgenze di cui godeva l'Arciconfraternita del SS. Sacramento e dovevano rispettare alcune regole religiose da conciliare con la propria vita familiare. Le adesioni furono molte, tenendo conto della bassa popolazione di allora. In seguito, ottenne anche il consenso regale dal Re Ferdinando IV nel 1791. Sia la pergamena, datata 1621, su cui è esposto l'atto di aggregazione che il documento inviato dal Re sono tuttora esistenti e conservati. Da non molti anni la Confraternita non esiste più.